Die Zeit der neuen Paläste (1650 - 1450 v. Zeitrechnung)

In diese 200 Jahre fallen Höhepunkt der kulturellen Entwicklung wie auch Zerstörung dieser bemerkenswerten Mittelmeerkultur.
Die altpalastzeitlichen Zentren werden um 1700 zerstört, und zwar durch ein Erdbeben, dessen Spuren an vielen Stellen des Palastes von Knossos beispielsweise zu sehen sind. Nach dieser Katastrophe gingen die Minoer an die Neugründung und die Neuerrichtung der Paläste. Der Begriff "Paläste" mag etwas irreführend sein, denn Knossos und die anderen Zentren dieser Art waren eher eine Mischung aus Heiligtum und Verwaltungszentrum. In dieser Zeit entsteht eine neue Schrift (Linear A), die im Gegensatz zur vorangegangenen alten Schrift (Linear B) bis heute nicht entziffert werden konnte.

Auch in dieser Zeit ist die Große Mutter als Ursprung alles Göttlichen das Zentrum der religiösen Verehrung.

Bis heute herrscht noch keine Klarheit darüber, warum die minoische Kultur zerstört wurde. Der Vulkanausbruch von Santorin ist nur einer, jedoch nicht der ausschlaggebende Grund. Im Abstand von 70 - 100 Jahren sind drei Zerstörungsphasen zu beobachten. Wahrscheinlich ist die Zerstörung innerhalb der minoischen Gesellschaft selbst zu suchen.
Die innerkretische Produktion der Landwirtschaft wie des Handwerks hatte offenbar seine Grenzen erreicht und war nicht mehr in der Lage, die Nachfrage zu befriedigen. Die Folge waren Unsicherheit und Unruhen, die zur Zerstörung und zur Aufgabe der meisten Plätze führte, während andere hiervon unberührt blieben.
Diese instabilen Verhältnisse machten es dann den Eroberern vom Festland leicht, sich in Knossos niederzulassen.